Еще с древних времен окрестности Палдиски привлекали внимание в качестве гавани. Первые постоянные поселенцы обосновались на островах Пакри и на полуострове в ХIII веке. Если верить легенде, это были шведский принц и его свита. Преимущества Палдиски как гавани для больших судов в полной мере стали использовать в ХVII веке, когда шведский флот превратил эти места в свой опорный пункт.

В политической обстановке, сложившейся после Северной войны, для России стало важно создать военный форпост на северном побережье Балтийского моря. В поисках подходящего места для порта российские военные корабли обследовали всю береговую линию и остановили свой выбор на Палдиски. Перед возможными конкурентами у Палдиски есть три неоспоримых преимущества: его акватория практически не замерзает, очень глубока (что важно для больших судов) и защищена от штормов островами Пакри. В 1718 году Петр I основал в Пакриском заливе военный порт. Возникшее рядом с ним поселение Рогервик в 1762 году окрестили "Балтийский Порт", от чего и происходит нынешнее название города.

В ХIX веке возросло значение Палдиски как торгового порта. Он стал "прихожей" Таллинна и Петербурга, особенно зимой, когда морские грузы отправлялись отсюда в крупные города по железной дороге. Учитывая благоприятное расположение города-порта, Балтийскую железную дорогу в 1870 году протянули до Палдиски. На какое-то время товарооборот настолько вырос, что Палдиски был третьим по значению торговым портом России. Вплоть до Октябрьской революции он оставался торговым портом общегосударственного значения.

Нынче Палдиский Южный порт- один из самых быстроразвивающихся портов в Эстонии.

В 2008 году через Палдиский Южный порт прошло 3 815 376 тонн грузов; порт посетили 1405 судов.